José Carlos Fontes é licenciado em Engenharia Agrícola e Doutorado em Ciências Agrárias (Engenharia Rural). É professor auxiliar da FCCA com nomeação definitiva desde maio de 2005, leciona em cursos de licenciatura e  mestrado em unidades curriculares da área da hidráulica, regadio e hidrologia. Foi diretor dos mestrados em Engenharia do Ambiente e de Engenharia e Gestão de Sistemas de Água. Participou/participa em vários projectos ligados ao funcionamento ambiental dos sistemas agrícolas da Região, com especial importância a contaminação das águas superficiais e subterrâneas com nitratos, fosfatos e outros agroquímicos, na produção de escoamento superficial e erosão do solo em função da fisiografia, da ocupação e maneio dos solos. Já participou em 22 congressos e palestras, tendo na maioria deles apresentado comunicações orais. Dos trabalhos publicados, 10 são em livros e/ou revistas com arbitragem; 14 em revistas e/ou livros de atas; 8 em monografias e publicações especiais; 4 em livros e/ou revistas sem arbitragem e 25 comunicações. É revisor de trabalhos científicos nas revistas internacionais "Journal of Hydrology", "Science of the Total Environment", Agricultural Water Management". Na Universidade dos Açores, é membro da Assembleia da Faculdade de Ciências Agrárias e do Ambiente e do Conselho Científico.